Microsoft hat mit der Serienproduktion des Biztalk Server 2006 begonnen. Im Mittelpunkt der Neuen Version steht eine verbesserte Benutzerfreundlichkeit. Erweiterungen gibt es unter anderem auch in den Bereichen der Betriebs-, Verwaltungs- und Bereitstellungsoptionen sowie beim Business Activity Monitoring (BAM), einer neuen Überwachungszentrale für Business-Aktivitäten. Biztalk Server 2006 soll offiziell im Mai verfügbar werden.